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結核性腦膜炎最簡便的確診方法是通過腦脊液做結核菌涂片，如果能夠找到結核菌就能夠確診。但是腦脊液中結核菌含量低，據文獻報道只有10%-20%。

目前通過改良抗酸染色可以把腦脊液的結核菌陽性率提高到40%-50%。目前比較推廣的檢測方法是分子桿菌檢測tspot，文獻報道其特異性100%，敏感性是60%。所以世界衛(wèi)生組織推薦對于疑似結核性腦膜炎的患者，可以常規(guī)做tspot確診。但此方法不能作為排除診斷。

此外，還可做結核菌培養(yǎng)，包括固體培養(yǎng)和液態(tài)培養(yǎng)。但是需要的時間比較長，液體培養(yǎng)至少需要10天，固體培養(yǎng)大概要8周。