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核磁共振檢查的時間主要與掃描部位、掃描序列、掃描方式有關，短則5-10分鐘，長則30-60分鐘。一般頭顱、脊柱掃描時間較短，頭顱平掃10-15分鐘即可完成。而對于乳腺、上腹部，掃描序列特別多，時間相對較長，基本上需要30-45分鐘。

另外，腹部檢查需要患者呼吸配合，如果配合不好還要訓練呼吸，檢查時間也會增加。此外，如果有功能成像等特殊要求，時間會更長。