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骨髓移植是過去做異基因造血干細胞移植時，用得最多的方法。一般供者需通過粒細胞集落刺激因子，使干細胞有“動員”過程，再通過全麻或腰麻，采集髂骨的骨髓。一般單做骨髓移植時，采集的量較大，通常＞1000ml，這時供者需提前留取自己的血液，采集完骨髓后再回輸體內。

目前骨髓移植，一般與外周血干細胞聯(lián)合應用，對病人骨髓干細胞的采集數(shù)量要求明顯降低。故目前的異基因造血干細胞移植，是骨髓移植與外周血的干細胞一同輸注，對供者損傷相應減少。