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腸道菌群可以自我調(diào)節(jié)，腸道內(nèi)有成千上萬、各種各樣的菌，復(fù)雜多樣菌群的調(diào)節(jié)能力較好，即便是環(huán)境變化、飲食變化，會暫時影響到某些菌群的生存條件，對整個菌群的大環(huán)境而言，通過自身調(diào)節(jié)，即可較快恢復(fù)正常。腸道菌群是較為穩(wěn)定的生態(tài)系統(tǒng)，少數(shù)情況下才會出現(xiàn)致病性紊亂。

常見造成疾病的腸道菌群紊亂是抗生素相關(guān)性腹瀉，大量應(yīng)用抗生素會殺滅致病菌，但是也會殺滅腸道內(nèi)正常存在的細菌，進而導(dǎo)致腸道菌群紊亂，引起頑固性腹瀉，這種情況常見于重癥感染患者。