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大多數(shù)自身免疫性腦炎的預(yù)后相對良好，自身免疫性腦炎的死亡率在2%-9%左右，80%左右的抗NMDA受體腦炎患者功能恢復(fù)良好。
患者早期接受免疫治療和非重癥患者預(yù)后較好，重癥的抗NMDA腦炎患者，平均重癥監(jiān)護病房治療周期為1-2個月，病死率為2.9%-9.5%左右，抗LGI1抗體相關(guān)的腦炎患者的病死率大約為6%左右?？笹ABA受體抗體的相關(guān)腦炎，合并小細胞肺癌患者的預(yù)后相對比較差。
自身免疫性腦炎的治療，急性期主要是給予糖皮質(zhì)激素、免疫球蛋白，或者血漿置換、注射利妥昔單抗、靜脈注射環(huán)磷酰胺，口服嗎替麥考酚酯、硫唑嘌呤等等，進行免疫抑制治療。