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核磁共振對軟組織以及中樞神經(jīng)系統(tǒng)有很高的敏感性，所以可以用于全身多臟器疾病的診斷。在頭部可以用于腦出血性疾病、腦缺血性疾病、腦膿腫、腦腫瘤、腦白質(zhì)的病變，以及腦血管的病變等等。
在小器官方面，可以診斷甲狀腺以及乳腺疾病，特別是對占位性病變有很高的敏感性。