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感染性心內膜炎多發(fā)于器質性心臟病，如心臟瓣膜病，尤其是二尖瓣和主動脈瓣，先心病，如室間隔缺損、動脈導管未閉、法洛氏四聯(lián)征等。贅生物常位于血流從高壓腔，經病變瓣口或者先天缺損至低壓腔，產生高速射流或者湍流下游，比如二尖瓣的瓣葉心房側、主動脈瓣的瓣葉心室側以及室間隔缺損的右心室側，這些改變可能是由于處于湍流下方的內膜灌注壓下降，有利于微生物沉積和生長有關。
另外，高速射流沖擊心臟或者大血管內膜處，可以導致局部損傷并且易于感染，比如二尖瓣反流面對左心房壁，主動脈反流面對二尖瓣前葉有關腱索和乳頭肌，未閉動脈導管射流面對的肺動脈壁，都是感染性心內膜炎好發(fā)部位。反而是在壓差比較小部位，比如房間隔缺損，或者較大室間隔缺損，或者血流緩慢時，比如房顫和心力衰竭時，則比較少見，瓣膜狹窄比關閉不全要少見。