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流感病毒和冠狀病毒是兩種完全不同的病毒，流感病毒屬于正粘病毒科病毒，而冠狀病毒屬于冠狀病毒科病毒，盡管兩種病毒引起的臨床表現(xiàn)似乎很類似，這兩種病毒是完全獨(dú)立的。
流感病毒一般有明顯的季節(jié)性，多發(fā)生在冬春季節(jié)，也具有傳染性，多數(shù)是引起上呼吸道的感染，個(gè)別重的病人可以引起流感的肺炎。而冠狀病毒其中普通的冠狀病毒，一般傳染性是不強(qiáng)的，可以引起上呼吸道感染，也可以引起肺炎的表現(xiàn)。但是其中新型冠狀病毒，沒有明顯的季節(jié)性，而且人與人之間的傳染性比較強(qiáng)，傳染性要強(qiáng)于流感病毒的感染，而且多數(shù)患者主要表現(xiàn)的是無癥狀或輕癥，而流感多數(shù)患者表現(xiàn)的是上呼吸道癥狀，所以這兩種病毒雖然臨床上有相似性，但是實(shí)際上兩者有明顯的差異。