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自身免疫性疾病根據(jù)系統(tǒng)可以分類，最常見的有結締組織病，例如類風濕關節(jié)炎，系統(tǒng)性紅斑狼瘡，皮肌炎，硬皮病等；神經(jīng)肌肉疾病，如多發(fā)性硬化病，重癥肌無力和脫髓鞘病變等；內(nèi)分泌疾病，如原發(fā)性腎上腺皮質(zhì)萎縮，慢性甲狀腺炎以及青年型糖尿病、甲狀腺功能亢進等；消化系統(tǒng)疾病，有慢性非特異性的潰瘍性結腸炎，慢性活動性肝炎以及惡性貧血和萎縮性胃炎；泌尿系統(tǒng)疾病，可見于自身免疫性腎小球腎炎、肺腎出血性綜合征；血液系統(tǒng)疾病，有自身免疫性溶血，特發(fā)性血小板減少性紫癜和特發(fā)性白細胞減少癥等。